Στην Αστυπάλαια μπορείτε να έρθετε αεροπορικώς μέσω του Κρατικού Αερολιμένα της Αστυπάλαιας (JTY), ο οποίος βρίσκεται 9 χλμ από τη Χώρα του νησιού. Το αεροδρόμιο εξυπηρετεί μόνο πτήσεις εσωτερικού. Αν ταξιδεύετε από το εξωτερικό θα πρέπει πρώτα να κατευθυνθείτε προς το Διεθνές Αεροδρόμιο Αθηνών «Ελευθέριος Βενιζέλος» (ΑΤΗ) (ή σε κάποιο άλλο κοντινό νησί που διαθέτει διεθνή αερολιμένα όπως π.χ. το νησί της Κω) και στη συνέχεια να ταξιδέψετε προς Αστυπάλαια με άλλη πτήση ή με ferry.

Στην Αστυπάλαια μπορείτε επίσης να έρθετε και με συμβατικό πλοίο από το λιμάνι του Πειραιά. Η απόσταση ανάμεσα στα δύο λιμάνια είναι 147 ναυτικά μίλια και η μέση διάρκεια του ταξιδιού είναι 10 ώρες ανάλογα με τις ενδιάμεσες στάσεις. Όλα τα πλοία για την Αστυπάλαια διαθέτουν γκαράζ για τη μεταφορά οχημάτων καθώς και καμπίνες για ένα ξεκούραστο ταξίδι.

Η Αστυπάλαια συνδέεται ακτοπλοϊκώς με τα περισσότερα νησιά των Δωδεκανήσων (Κάλυμνο, Κω, Χάλκη, Σύμη, Νίσυρο, Τήλο, Ρόδο, Καστελλόριζο) καθώς και με ορισμένα νησιά των Κυκλάδων (Πάρο, Νάξο, Σύρο, Δονούσα, Αμοργό).